Nel novembre 1992 si laurea, summa cum laude, in Medicina e Chirurgia presso l'Università degli Studi di Palermo e nel novembre 1996 consegue la Laurea con lode in Oncologia Medica presso l'Università degli Studi di Milano, seguita dalla certificazione ESMO (European Society for Medical Oncology) in Oncologia Medica nel 1997. Dal 1997 al 1999 ha ricevuto una borsa di studio ESMO sulla terapia genica del cancro del polmone presso l'Institut Gustave Roussy di Villejuif (Parigi). A seguire, da aprile 2000 a settembre 2000, l'unità di Oncologia Toracica della Medical University of South Carolina a Charleston (USA). Per sei anni, dal novembre 2000 al 2006, è stato Ricercatore presso l'Ospedale Bellaria di Bologna e dal novembre 2006 al gennaio 2010 è stato Ricercatore in Oncologia Medica presso l'Istituto Clinico Humanitas IRCCS di Rozzano (Milano), cui è seguito nel gennaio 2004 a novembre 2004 come Visiting Professor in Medical Oncology presso l'Università del Colorado a Denver (USA). Da gennaio 2010 ad aprile 2016 è stato Direttore del Dipartimento di Oncologia Medica dell'Istituto Toscano Tumori - Ospedale Civile di Livorno. Da aprile 2016 a settembre 2020 è stato Direttore del Dipartimento di Oncologia ed Ematologia presso l'AUSL Romagna di Ravenna.
Il Prof. Cappuzzo è membro dell'Associazione Italiana in Oncologia Medica (AIOM), European Society for Medical Oncology (ESMO), American Society Clinical Oncology (ASCO) e International Association for the Study of Lung Cancer (IASCL) e dal 2006 è membro della redazione di Lung Cancer. Dal 2013 al 2017 è stato Presidente del Comitato Educativo di IASLC. È autore di oltre 260 articoli su riviste peer-review, principalmente nella ricerca traslazionale sul cancro del polmone.